Ветеринарная бактериологическая лаборатория была создана согласно Приказа Минсельхоза РСФСР за № 698 от 24.12.1947 г. на базе подразделения, выделенного из состава Иркутской НИВОС. В последующие годы из-за увеличения объемов работы отделы лаборатории стали расширяться.

В 2003 году Приказом МСХ РФ № 1343, путём реорганизации и присоединения ФГУ «Байкальской региональной ветеринарной лаборатории», ФГУ «Областная ветеринарная лаборатория» была переименована в ФГУ «Иркутскую межобластную ветеринарную лабораторию» (ФГУ "Иркутская МВЛ").

 В настоящее время ФГБУ «Иркутская МВЛ» представляет собой динамично развивающееся предприятие – современный лабораторно – диагностический центр, укомплектованный новейшим оборудованием и высококвалифицированными  специалистами, владеющими современными методами исследований. 

В настоящее время руководство лабораторией осуществляет - Иванов Олег Григорьевич  (в должности  исполняющего обязанности директора ФГБУ "Иркутская МВЛ ", назначен  приказом Россельхознадзора № 27-кр от 29.03.2023 г.)

В зону обслуживания входят: Республика Бурятия, Республика Саха (Якутия), Забайкальский край, Иркутская область, что составляет около 30% территории РФ.

Деятельность лаборатории вышла далеко за рамки ветеринарии. ФГБУ "Иркутская МВЛ" обеспечивает проведение исследований, обследований и государственных экспертиз практически по всем видам деятельности, входящим в компетенцию Федеральной Службы ветеринарного и фитосанитарного надзора. Основными задачами лаборатории являются лабораторные исследования, позволяющие обеспечить современную диагностику и профилактику болезней животных, включая зверей, птиц, пчел, рыб и др.